La folle Odyssée des toxines
A propos de la sécurité sanitaire des aliments
Une interview "Les pieds dans le plat" réalisée lors de l’émission radiophonique mensuelle de la Mission Agrobiosciences "Ça ne mange pas de pain ! " d’octobre 2011. Avec Eric Oswald, vétérinaire, professeur de médecine à Faculté de médecine Toulouse-Purpan et enseignant chercheur.
Depuis la crise majeure de la vache folle, à la fin des années 90, qui avait fait un peu plus de 200 victimes en Europe, en plus de dix ans, nous n’avions pas connu une telle crise des aliments que celle de Escherichia coli qui a sévi au printemps dernier, principalement en Allemagne, faisant quand même plus de 50 morts et des milliers de malades en quelques semaines.
Une épidémie très violente et fulgurante, jetant le discrédit à la fois sur les végétaux et sur le bio.
Depuis la crise de l’ESB, donc, il nous semblait que la sécurité sanitaire des aliments était en progrès constant, ce qu’elle a été à coup sûr avec la traçabilité permettant de rappeler très rapidement des aliments suspects.
Mais voilà que depuis le début de l’année 2011, les problèmes sanitaires et incidents se multiplient : dioxine dans la viande allemande, le manquement à l’hygiène dans des fast-foods, la contamination de tomates séchées par des virus de l’hépatite A, deux épidémies à Escherichia coli – dont celle des graines germées et celle des steaks hachés- et, depuis la rentrée, le rappel de Münster au lait cru chez Carrefour, sans oublier la toxine botulique dans la tapenade – taclant au passage le mythe selon lequel l’artisanal est meilleur que l’industriel.
Alors, comme le fait remarquer, fin juin, l’association de consommateurs CLCV [1], l’actualité immédiate ne doit pas occulter la tendance de fond, de sécurisation des filières alimentaires depuis des décennies. Reste que les consommateurs estiment manquer d’informations sur les moyens mis en œuvre par les autorités sanitaires en matière de surveillance de la chaîne alimentaire.
Alors, où en est-on de la sécurité sanitaire des aliments en France et en Europe ? Pour les animaux et les végétaux ? A-t-on tiré les leçons de la crise Escherichia coli allemande ? Quelles questions restent en suspens ? Faut-il s’attendre à de nouvelles intoxications alimentaires ?
Pour répondre à toutes nos questions, nous avons invité Eric Oswald, vétérinaire, professeur de médecine à Faculté de médecine Toulouse-Purpan et enseignant chercheur (Unité mixe de recherche Inserm-Inra- Cnrs Université de Toulouse).
Sylvie Berthier. Revenons sur l’épidémie qui a sévi en Allemagne. Cette crise n’a été identifiée qu’au bout d’une longue traque de cinq semaines, durant laquelle on a tout entendu : ce fut la faute des tomates, des concombres, des salades, pour arriver enfin aux graines germées d’une exploitation bio de Basse Saxe. Le temps de faire 50 morts, et de mettre à mal quelques filières agricoles… Vous qui étiez un observateur attentif, qu’est-ce qui vous a le plus surpris dans cette crise : la gravité, le traitement médiatique, la réaction des autorités…
Eric Oswald. Ce qui a d’abord surpris, c’est la virulence de la souche impliquée dans cette épidémie. En fait, nous connaissions ce type de souche et ses symptômes sont connus chez l’homme mais, la nouveauté, c’était sa virulence et le fait qu’elle touche des adultes, alors, qu’habituellement, ce sont davantage les jeunes enfants qui sont touchés. Et puis, malheureusement, dans beaucoup de cas, la maladie a évolué vers la mort. Plus de cinquante personnes.
Je ne dirais pas que la traque de cette souche était secondaire, mais l’évolution de cette maladie, rapide, très grave, touchant des adultes, surtout de jeunes femmes en bonne santé, nous a tous marqués.
Très rapidement, les autorités allemandes ont remarqué le nombre élevé de SHU, syndrome hémolytique et urémique, provoquant des atteintes rénales particulières liées à cette souche. C’est après, qu’a été lancée la traque pour trouver l’origine et le réservoir de cette bactérie.
Que sait-on aujourd’hui de cette souche et à quelles questions n’a-t-on pas encore répondu ?
La souche O104 :H4 a été isolée, son génome séquencé par plusieurs laboratoires, en Allemagne, en Chine, en Angleterre, aux Etats-Unis. Ce fut, finalement, un exemple de la science Internet. Nous pouvions suivre, sur la toile, quasi automatiquement, donc très rapidement, les résultats du séquençage. A ce niveau-là, ce fut une gestion de crise un peu particulière, parce que tout le monde voulait la souche, la séquencer et essayer de comprendre les bases moléculaires de sa virulence. Aujourd’hui, nous disposons de ces données. Qu’avons-nous appris ?
Il semblerait que nous soyons en présence d’une pathovar [2], que nous connaissions, qui est responsable de diarrhées principalement chez les jeunes enfants. Mais, à la différence des souches que nous connaissions, cette souche particulière a acquis au cours de l’évolution des gènes de virulence particuliers, qui codent pour la toxine (une shiga-toxine) responsable du SHU.
On a mis du temps pour remonter jusqu’aux graines germées de fenugrec, venant d’Egypte. Comment ces bactéries se sont retrouvées sur ces graines ?
Classiquement, le réservoir de ce type de souche est le tube digestif des bovins, inoffensive pour ces animaux, mais pas pour l’homme. D’ailleurs, typiquement, c’est ce qui s’est passé en juin à Lille : des steaks hachés étaient contaminés à partir de souches de Escherichia coli provenant de tube digestif des bovins.
Donc, au départ de la crise en Allemagne, les enquêteurs se sont d’abord orientés, logiquement, vers ce type de source. Mais une fois analysée, on s’est rendu compte qu’il ne s’agissait pas de la carte d’identité (le sérotype) classique d’une bactérie bovine.
Les recherches ont alors continué sur la base d’enquêtes et de recoupements. C’est vrai, cela a été relativement difficile, car les graines germées n’apparaissaient que comme une « décoration » par rapport au reste des aliments dans l’assiette. Finalement, les enquêtes épidémiologiques ont fini par converger vers ces fameuses graines.
Comment les graines germées ont-elles été contaminées ?
Cela devient plus compliqué… Une fois les graines identifiées, il a fallu détecter la bactérie responsable de la maladie. Et jusqu’à présent, on n’y arrive pas bien. Il reste une incertitude quant à savoir si ce sont vraiment ces germes germées qui ont été responsables de la maladie, car il n’a pas été possible d’isoler la souche bactérienne directement à partir des graines.
Pour l’heure, les graines germées restent quand même l’hypothèse la plus forte. Elles ont été tracées, elles viennent d’Egypte. Mais il n’est pas normal, pas naturel, qu’elles soient contaminées par des Escherichia coli, dont on ne connaît toujours pas l’origine. On a de fortes présomptions, sur une contamination humaine, comprenez des déjections humaines ou de la fumure humaine, encore utilisée dans certains pays, qui aurait contaminé les champs ou l’exploitation. A priori. Car cette souche est connue en Afrique, dans des pays où de nombreux jeunes enfants ont des diarrhées, suite à une contamination avec souche, mais que ne développe par la shiga-toxine, comme en Allemagne. On peut très bien imaginer que la bactérie a connu un réarrangement génétique. La plasticité du génome des Escherichia coli est d’ailleurs connu et explique pourquoi ces souches évoluent.
Nous ne sommes donc pas à l’abri d’une autre épidémie de ce genre ?
Non, sachant que les bactéries évoluent, nous ne serons jamais à l’abri d’une autre épidémie. Nous venons de voir l’évolution d’une nouvelle bactérie. Demain, elle peut acquérir d’autres facteurs de virulence. Nous vivons dans un monde « septique ».
Par rapport à tout ce que l’on sait aujourd’hui, aux difficultés d’identifier cette souche, des mesures ont-elles été prises pour sécuriser davantage la filière alimentaire européenne ? Ou sommes-nous impuissants face à ce genre d’incidents, de contamination et de mutation ?
Nous ne sommes pas impuissants. Des mesures sont prises. Quand l’épidémie du steak haché s’est déclarée à Lille, il a été mis en évidence très rapidement que l’un des réservoirs de cette souche Escherichia coli O157:H7 était la filière bovine. Mais il est vrai qu’il est parfois plus difficile de remonter la filière végétale quand les aliments susceptibles d’être incriminés sont multiples et plus difficilement traçables.
Reste que, dans notre pays, il existe un vrai maillage de la sécurité sanitaire des aliments, hérité du jacobinisme et de la centralisation. Ainsi, la France a globalement bien géré l’ensemble de ses agences, à la différence de l’Allemagne, plutôt fédérale, où ce sont des Länders qui gèrent les crises. On l’a vu lors de la dernière crise, la communication est moins bien passée.
Depuis la crise de la vache folle, on a l’impression que les filières viandes sont ultra-sécurisées, mais que celle du végétal est peut-être fragile. Ces graines, en germant dans des milieux chauds et dans de l’eau, représentent de vrais bouillons de culture.
Tout à fait, ce sont de super-conditions pour favoriser la croissance bactérienne. Ce n’est pas la première fois que des végétaux sont incrimés à cette échelle. Il y a eu au Japon, en 1996, une épidémie à cause de radis contaminées dans des repas scolaires qui avait été à l’origine de plus de 7000 malades. Mais c’est loin, au Japon, aux Etats-Unis… Bref, on redécouvre, à travers les médias, que les légumes peuvent être contaminés, mais ce n’est pas nouveau.
Concernant les steaks hachés chez Lidl, on a très vite remonté la filière Escherichia coli, mais l’assemblage de viandes provenant de différents abattoirs ne pose-t-il pas un problème de traçabilité ? La pratique des industries agro-alimentaires doit-elle être revue ?
La traçabilité existe, même lorsqu’un lot contenant des bactéries contamine l’ensemble du produit. Finalement, on suit plus facilement la viande bovine que les graines de fenugrec et la manière dont elles ont été cultivées quelque part dans le monde.
Voyez-vous dans nos pratiques de consommation des sources de risque qui pourraient exploser ?
Plus généralement, je crois qu’il faut que la population reprenne conscience des règles de base d’hygiène. La France est un des pays où on se lave le moins les mains. Il faut se laver les mains, avant de préparer un plat, en sortant des toilettes, avant de passer à table.
On en a beaucoup parlé lors de l’épidémie de grippe A, mais cela reste vrai pour beaucoup de microbes. On attrape des Escherichia coli en les ingérant. On le fait quand on touche un aliment ou lorsque l’on met ses doigts à la bouche. Et le réservoir principal étant le tube digestif, il est impératif de se laver les mains en sortant des toilettes.
Autre point. Nous avons changé nos pratiques alimentaires. Avant, nous cuisions les aliments, maintenant nous réalisons des salades et nous ne respectons plus des règles élémentaires d’hygiène. Par exemple, il est est connu que les poulets sont porteurs d’une bactérie appelée Campylobacter. Cette bactérie est tuée lors de la cuisson. Cependant si vous découpez votre poulet cru sur une planche à découper, puis, sans la rincer, vos crudités, tomates, concombres et autres carottes, vous risquez de les contaminer et de vous infecter.
Sans oublier, le problème persistant de la conservation des aliments. J’ai le souvenir d’un problème de Listeria dans un pot de rillettes, sauf que le fameux pot n’avait pas été conservé dans de bonnes conditions.
Globalement, en terme d’hygiène, le niveau de la qualité des produits est relativement bien contrôlé, en France. Maintenant, par ses pratiques, notamment l’oubli de règles élémentaires d’hygiène, le consommateur prend des risques.
Propos de table
Discussion avec les chroniqueurs
Bertil Sylvander. Je voudrais revenir sur le fédéralisme et le fait qu’une région puisse être juge et partie… Dans une région qui produit des aliments, des végétaux, on n’a pas forcément intérêt à instruire des enquêtes sanitaires lorsque certains intérêts sont en cause.
Eric Oswald. C’est pourquoi, sur le plan des intérêts, je pense que nos institutions dites jacobines ont du bon par rapport à une délégation trop locale. Mais indépendamment de cela, je pense qu’il y a eu, dans la crise allemande, une importante désorganisation, au point où la souche a été envoyée en Chine pour être séquencée, alors qu’il y avait un laboratoire allemand, pas très loin, capable de le faire… Mais il n’était pas du même Länder. Chaque Länder a voulu tirer la couverture à lui, voulu trouver la souche, en premier. Au niveau de la communication, ça n’a pas été terrible et il y a eu beaucoup de contre-vérités.
Valérie Péan. Vous avez parlé d’une société septique. Malgré tout, même si on ne se lave pas suffisamment les mains, nous vivons dans une société de plus en plus aseptisée. Or, il semble qu’une sorte de guerre biologique entre les différents microbes soit nécessaire pour que l’un d’entre eux ne prenne pas le dessus. Nous serions ainsi un peu moins bien immunisés. Le problème ne vient-il donc pas, au contraire, d’une trop grande aseptisation ?
Eric Oswald. Comme toute chose, tout n’est pas tout blanc ou tout noir.
Vous avez sûrement vu des émissions sur la flore intestinale, sur le microbiote. Selon la théorie hygiéniste, l’amélioration des conditions d’hygiène dans les pays développés favorise le développement des allergies, de l’asthme et d’autres maladies… On a besoin de bactéries, et on ne peut pas se passer de notre microflore, mais il vaut mieux avoir les « bonnes » bactéries. Il faut faire la part des choses entre l’absence de bactéries et la contamination des aliments, des mains par des bactéries pathogènes….
Bertil Sylvander. J’ai entendu des chercheurs, à la radio, qui racontaient que les mutations génétiques interviennent plus volontiers dans un milieu aseptique que dans un milieu complexe. Ils parlaient aussi de mutations génétiques horizontales, c’est-à-dire de sexualité de virus ou de bactéries, et que cela pouvait provoquer l’apparition de bactéries très méchantes, ce qui est moins le cas quand le milieu est un peu moins pur.
Eric Oswald. Ceci est très vrai pour la résistance aux antibiotiques. On sait que la sexualité des bactéries s’opère par des plasmides (des morceaux d’ADN), souvent porteurs des facteurs de virulence. Justement, la souche O104 :H4 détectée en Allemagne a acquis, en même temps que des facteurs de virulence, des gènes de résistance aux antibiotiques, mais ce qui a été le plus embêtant dans cette crise, c’est le caractère virulent de la souche. Pas la résistance aux antibiotiques, car on ne traite pas cette maladie, le SHU, avec des antibiotiques.
